污水在塘内经 较长时间的缓慢流动、贮存，通过细菌、真菌、藻类及原生动物等微生物的代谢 活动，使污水中的有机物降解，污水得到净化。水中的溶解氧主要是由水产养殖污水处理设备塘内生长 的藻类通过光合作用提供的，禽畜养殖尾水治理，塘面的富氧则起辅助作用。
现在对该类废水的办理，均选用以厌氧工艺、好氧工艺为主的处理工艺，包含好氧、厌氧、兼氧等处理体系。前置预处理工艺，应设置粪便分离机、格栅、调理池或沉淀池等，养殖尾水治理，以尽量下降进入生物处理构筑物的悬浮物，确保后续工艺正常运转。
池塘净化是水产养殖尾水处理的主要形式之一，主要包括降解、沉淀、氧化、吸附、过滤等基本原理，常用的处理方式是过滤。过滤池的清洁效果会明显受到过滤填料的影响，在水产养殖池塘净化的时候，使用多种填料的净化效果会更加明显。另外，过滤池的水中会有更多的悬浮物，需要工作人员定期进行清理或进行填料的更换，因此需要大量的人力物力，不利于资源的节约利用。但池塘净化具有成本低及操作简便的优势，海水养殖尾水治理，因此具有一定的借鉴性。
一些水生动物也可以起到解决水污染的问题
一些水生动物对养殖环境是有一定的修复作用的，它们可以在一定程度上可以解决水污染问题。例如若水中含有大量藻类且不及时清理，会造成水产养殖水体污染，这个时候运用生物操纵原理，在传统养殖过程中向水中投入草鱼、鲢鱼等滤食性食藻鱼或植食性浮游动物，它们可以减少藻类植物数量，使藻类不会造成严重的水体污染问题。
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